Fræðslustofnun lækna var stofnuð með reglugerð á aðalfundi LÍ 26. og 27. september 1997 í Borgarnesi. Eignir Námssjóðs lækna voru  stofnfé stofnunarinnar ásamt með fjármunum frá Sjálfseignarstofnun Domus Medica.  Breyting var gerð á reglugerð Fræðslustofnunar lækna frá 1997 á sameiginlegum fundi stjórna LÍ og LR 12. desember 2000 á grundvelli þágildandi reglugerðar stofnunarinnar